Die "Grundstory" ist die gleiche, aber es gibt schon viele Unterschiede. Das fängt ja, wie du bereits erwähntest, damit an, dass die Charaktere teilweise völlig anders aussehen. Allen und Van mag man noch als solche erkennen, bei Hitomi hört es dann schon auf, die im Manga nicht nur lange Haare hat, sondern auch noch eine Brille trägt. Sie beschäftigt sich hier auch mit Pendeln, im Anime ja mit Tarot. Die Guymelefs sehen fast gleich aus, aber die Handlung ist auch für Kenner der Animeserie fast neu, auch wenn sie vieles auf die ein oder andere Art wiedererkennen. Ist in den Animes Van der Lenker der Escaflowne, so ist er im Manga ohne Hitomi, die mit der Esca eine "Verbindung" eingeht, völlig aufgeschmissen.
Ich glaube, alle Unterschiede hier aufzuzählen, würde den Rahmen sprengen...ach ja, dieses Katzenmädchen (mir fällt der name grad nicht ein) ist übrigens nur in den Animes dabei, ich denke mal zur Auflockerung. In den Mangas geht es ja doch recht ernst zu.
Was nun besser ist...das wage ich nicht zu beurteilen, weil mir beide Formate sehr gefallen. Sie sind zu eigenständig, um sagen zu können, das eine wäre besser als das andere.