Allerdings ist mir das Ende nicht klar geworden, insbesondere der Grund für den Ausgang des finalen Kampfes.
Simpel ausgedrückt :
Smith ist ausser Kontrolle geraten und Architekt hat ihn nicht mehr im Griff. Smith hat Macht über Matrix erlangt (oder so ähnlich). Orakel spricht aus Smith, Neo wird klar, dass Smith nur besiegt werden kann, wenn Architekt ihn "angreifen" bzw. löschen kann. Neo wird von Smith übernommen. Die ursprünglichen Programme sind, wie das End eund das Orakel zeigen noch vorhanden nur von Smith, welcher eine Art Virus ist, befallen. Smiths miteinander verbunden. Neo Bindeglied. Architekt kann über Neo Smith löschen.
Lässt natürlich andere wichtige Interpretationen bezüglich Architekt oder Realität aussen vor, sonst würde es wesentlich länger dauern das zu erklären.