Die PDF ist halt keine "Originaldatei" in dem Sinne, sondern nur das Ausgabeformat. Der Sinn und Zweck von PDF ist es ja, dass die Ausgabe immer und überall, auf jedem System gleich aussieht, das geht halt klar auf Kosten der Bearbeitung, das Erstellen ist eben mehr oder weniger als "einweg" gedacht.
Also zu den erhältlichen Latex-Programmen unter Windows kann ich dir nichts sagen, ich mache das unter Linux mit vim, pdflatex, Kile, Eclipse und Konsorten. Habe aber gehört das MikTex ganz gut sein soll, vielleicht schaust du dir das mal an!